En el Palacio de los marqueses de Moctezuma podemos percibir, como en tantas otras construcciones en esta zona de Ronda, una construcción típica con dintel en la portada, dos escudos nobiliarios y un anagrama en el centro, compuesto por las letras A. y M.; testimonio de la estancia en la ciudad de los herederos del emperador azteca, y por lo tanto, lugar donde queda simbólicamente enlazados, el viejo y el nuevo continente.

El edificio actual, unión de dos inmuebles, al que se anexiona una capilla neogótica, está articulado en dos patios; el primero de ellos, axial a la puerta principal, es de forma rectangular y cierra cenitalmente con una montera; el segundo es un patio porticado en dos de sus lados, adintelado y con columnas toscanas que descansan sobre pedestales de considerable altura, al que abren balcones en su planta alta. El patio cumple la función de atrio de la capilla, de planta basilical de una sola nave, con arco apuntado que separa el presbiterio del resto de la nave y coro a los pies. La fachada exterior está culminada en un frontón que alberga un óculo con vidrieras. Una espadaña de ladrillo, con arquillos ojivales y pináculos, completa el edificio. En su interior cabría destacar, la estancia más rica del Palacio, el “Salón Mudéjar”, compuesto por un bello artesonado policromado y blasonado.

La remodelación del edificio se ha llevado a cabo con exquisita pulcritud y respeto; apenas se han cegado algunos balcones y eliminado algunos tabiques para facilitar la coherencia expositiva de la colección y conseguir al mismo tiempo una circulación fluida. El acristalamiento del primer patio ha permitido crear un hall distribuidor; y la adaptación de la antigua capilla -que mantiene aún los restos de los Marqueses de Moctezuma- para convertirla en sala temporal y salón se actos del Museo. Al mismo tiempo, se han mantenido los artesonados, la antigua escalera y casi idéntica la distribución, respetuosa con la dimensión humana. A pesar de la estructura palacial, el itinerario puede seguirse con gran libertad. La heterogeneidad formal de las salas, contribuye al atractivo de la exposición.