El Club Baloncesto Málaga S.A.D. nace en 1992 como resultado de la fusión de los dos equipos malagueños existentes en la Liga ACB (Caja de Ronda y Mayoral Maristas). Como Baloncesto Málaga S.A.D., los logros más importantes, hasta el año 2005, fueron dos subcampeonatos de Liga ACB en las temporadas 1994/95 y 2001/02 y, por supuesto, la consecución de la Copa Korac en la campaña 2000/01 que supuso el primer título europeo para un equipo andaluz.
La temporada 2004/05 llegó la consagración del equipo como un grande del baloncesto español al conseguir la Copa del Rey en Zaragoza ante el Real Madrid y un año después se logró la consecución del título de Liga ACB, uno de los éxitos más importantes del deporte andaluz, ante el Tau Cerámica (3-0).
La siguiente temporada 2006/2007, el equipo alcanzó su mejor clasificación en Europa después de participar por primera vez en una Final Four de la Euroliga, que este año se disputó en Atenas, y en la que el Unicaja acabó tercero al ganar la final de consolación al Tau Cerámica, un logro que puede considerarse casi como un título.
En la temporada 2016/2017, en su primera participación en la Eurocup, el Unicaja se proclamó campeón, después de superar las tres eliminatorias, incluida la final, con factor cancha en contra. En el último y decisivo partido de la final se impuso al Valencia Basket en su cancha para alzar su primer título de Eurocup. El canterano Alberto Díaz fue proclamado MVP de la final.
El equipo logró posteriormente el subcampeonato de la Copa del Rey 2020, celebrada en Málaga, y sigue compitiendo en esta campaña 2020/21 en la Liga Endesa y por primera vez se ha inscrito para disputar la Basketball Champions League.
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