La mayoría de los programas sociales dirigidos a los colectivos especiales en los que toma parte la Fundación Unicaja son canalizados por asociaciones y ONG que trabajan por la integración, la reinserción y la ayuda a colectivos marginales. Bancos de alimentos y comedores sociales aglutinan una buena parte de las colaboraciones establecidas, encontrando como destinataria a la población más vulnerable de nuestro ámbito de actuación. La institución también apoya a asociaciones de ayuda a discapacitados, de cooperación internacional, a la creación de centros de atención diurna, y a programas y campañas divulgativas de enfermedades como el alzheimer y el cáncer.
En este sentido, Fundación Unicaja colabora de forma habitual con ONG’s como Acción contra el Hambre, AIOM, Altamar Escuela y Familia, Alcer, Aldeas Infantiles, Apadis, Asociación Calor y Café de Granada, Asociación Española Contra el Cáncer, Asprodalba, Autismo Sevilla, Avoi, Bancosol, Cáritas, Casa Ronald McDonald, Cruz Roja, Fakali, Fundación Andrés Olivares, Fundación Cudeca, Nena Paine, Proyecto Hombre o Toc Granada.