Desde la temporada 2017/2018, el Unicaja Baloncesto cuenta con equipos femeninos de formación. La Fundación Unicaja encargó el proyecto al club, que realizó las gestiones para la inscripción de los equipos femeninos en las competiciones correspondientes.
Como paso inicial, el Unicaja Baloncesto realizó la inscripción de un equipo en el Campeonato de España de Primera Nacional Femenina, así como de los equipos en las categorías infantil, cadete y júnior.
Como es sabido, la Fundación Bancaria Unicaja es la propietaria, por un lado, del Club Baloncesto Málaga SAD y, por otra parte, responsable de la Sociedad Deportiva Unicaja, gestora de los equipos de cantera. Es a través de esta última por donde la institución canaliza las actuaciones y los recursos dedicados a esta nueva línea de apoyo al baloncesto femenino.
A tal fin, la Fundación Unicaja solicitó a la Sociedad Deportiva Unicaja la elaboración de un plan a desarrollar durante el segundo semestre de 2017 para incorporar en su estrategia deportiva el baloncesto femenino. Así, en las próximas temporadas las pistas del Pabellón de Los Guindos, que acogen diariamente a los cinco equipos que conforman la cantera de la Sociedad Deportiva Unicaja, así como las Escuelas de Base, que integran en su totalidad a más de 800 deportistas, se han visto incrementadas con la presencia de equipos femeninos en sus diversas categorías.
El equipo logró el ascenso a la Liga Femenina-2 y compite desde esta campaña 2019/2020 en la segunda categoría del baloncesto femenino nacional. Además, se incrementó el número de escuadras femeninas con la creación de equipos para más categorías y llegar así hasta los seis conjuntos: senior, júnior, cadete, cadete’05, infantil y preinfantil. En la temporada 2020/21, el equipo continúa compitiendo en Liga Femenina-2.