Junto a sus dos museos en propiedad, el Museo Unicaja Joaquín Peinado en Ronda y el Museo Unicaja de Artes y Costumbres Populares de Málaga, la Fundación Unicaja también participa como patrocinador del Centro de Ciencia Principia, y colabora asiduamente con otras pinacotecas como el Museo Carmen Thyssen de Málaga.