La Fundación Unicaja posee dos museos en propiedad, el Museo Unicaja Joaquín Peinado en Ronda y el Museo Unicaja de Artes y Costumbres Populares de Málaga.
El Museo Unicaja Joaquín Peinado en Ronda surge con el fin rememorar la vida y obra del pintor rondeño Joaquín Peinado y hacer realidad la remodelación y revitalización del antiguo Palacio de Moctezuma. En sus salas, la conjugación de óleos y dibujos confiere agilidad a los espacios y a los temas, al tiempo que se consigue dar gran coherencia a la obra del autor, ya que la colección del museo está compuesta tanto de dibujos propios de las investigaciones, como de obras preparatorias de lienzos conocidos de Peinado.
El Museo Unicaja de Artes y Costumbres Populares está especializado en las costumbres y folklore de la provincia de Málaga. Su contenido conforma un completo corpus de obras, sobre todo decimonónicas, donde se da cabida a los utensilios, obras y objetos que formaron parte de las labores populares y burguesas de la época. Se trata de unos fondos que se adentran en el mundo rural y urbano, la vida cotidiana más privada, las fiestas y el folklore, y la religiosidad.